Актуальні стратегічні орієнтири наукових досліджень і розробок Інституту спрямовані на формування науково-прикладного фундаменту стратегії і тактики сталого соціально-економічного розвитку України, нових системних рішень тактичного та програмного характеру щодо посилення конкурентоспроможності економіки України. Наукові наробки Інституту в значній мірі відпрацьовуються на вирішенні проблем розвитку Українського Причорномор’я та Українського Придунав’я. 
       З цією метою Інститут:
      Визначає відповідно до перелічених напрямів тематику своїх досліджень, подає її на затвердження у встановленому порядку до Відділення економіки НАН України.
     Виносить пропозиції на Відділення економіки НАН України по корегуванню затверджених напрямів досліджень. Напрями і тематика визначаються з урахуванням Закону України «Про пріоритетні напрями розвитку науки і техніки», рішень Загальних зборів НАН України, Президії НАН України, Відділення економіки НАН України, рекомендацій проблемних наукових рад.
    Складає, затверджує і виконує плани науково-дослідних робіт, розв'язує питання їхнього матеріально-технічного і фінансового забезпечення.
     Вивчає, аналізує та узагальнює досягнення світової економічної науки і сприяє їх використанню в практиці соціально-економічного розвитку України.
     Здійснює:
- підготовку проектів програм соціально-економічного розвитку різних територіальних одиниць і виробничих підприємств, організацій;
- розробку методик, проектів законодавчих і нормативних актів;
- розробку прогнозів, проводить наукові експертизи; надає консультації з усіх напрямків своєї наукової діяльності.
   Організовує, проводить та бере участь у конкурсах наукових робіт (проектів, заявок) і за результатами конкурсу надає необхідні ресурси та забезпечує виконання відповідних досліджень.
    Проводить  конференції,  наради,  симпозіуми,  виставки,  наукові школи, в тому числі міжнародні.
    Здійснює інформаційну та видавничу діяльність, засновує наукові видання.
   Проводить  конкурси  на  заміщення  вакантних  посад  наукових співробітників, атестує працівників Інституту.
   Здійснює    підготовку    наукових    кадрів    через    аспірантуру, докторантуру, прикріплення, стажування, в тому числі за кордоном, а також через спільні з вузами кафедри та інші форми.
   Створює у встановленому порядку спеціалізовані вчені ради при Інституті для захисту кандидатських і докторських дисертацій.
  Інститут   забезпечує    високу   якість   досліджень,    систематичне нагромадження  і  узагальнення  наукових  результатів,  створення  умов  для реалізації творчих можливостей  наукового  колективу  і  соціальний  захист працівників.
 
Головними напрямами діяльності Інституту відповідно до Постанови Президії НАН України №60 від 28.02.2011 р. є: 
  •    інституційні чинники розвитку ринкового середовища; 
  •   розвиток транспортно-транзитного потенціалу України та механізми його реалізації; 
  •   інституційні механізми екологізації економіки; 
  •   подолання територіальних диспропорцій та модернізація управління соціально-економічним розвитком південних регіонів України.         
      Сьогодні фахівці Інституту проводять фундаментальні і прикладні дослідження пов'язані з розробкою методології господарського освоєння ресурсів морського середовища та підвищенням економіко-екологічної ефективності використання природно-ресурсного потенціалу, забезпеченням економіко-екологічної безпеки приморських регіонів; розв’язанням теоретичних проблем та розробкою науково-практичних рекомендацій щодо реалізації ринкових відносин та ринкового регулювання економіки; дослідженням теоретичних проблем економіки і управління природокористуванням;  дослідженням теоретичних проблем розвитку підприємництва, підвищення його ефективності в умовах трансформаційної економіки та його впливу на соціально-економічний розвиток регіону та держави в цілому; дослідженням соціально-економічних проблем приморських регіонів і розробкою конкурентоспроможної економіки регіону з урахуванням екзогенних та ендогенних факторів інноваційного розвитку; науковим забезпеченням ефективного функціонування ринку транспортних послуг та використання національної транспортно-технологічної системи.